Quando c’è la necessità di analizzare dei campioni istologici tramite il microscopio ottico bisogna considerare che la luce è la fonte primaria per visualizzare eventuali anomalie del tessuto e quindi solo campioni estremamente sottili possono essere attraversati dal fascio luminoso. Per l’operazione di taglio dei campioni da analizzare si ricorre a uno strumento chiamato microtomo dotato di lame industriali ad alta precisione e di guide di scorrimento composte da slitte a regolazione micrometrica. Volgarmente il microtomo in piccolo è quello che è l’affettatrice che il macellaio usa per creare le strisce di carne da dare ai clienti. I primi microtomi prevedevano una regolazione del campione che fuoriusciva di quale micron dal piano di taglio e lo stesso veniva effettuato a mano. Con l’avanzare della tecnologia anche i microtomi si sono perfezionati fino ad arrivare agli ultimi composti da guide per macchine utensili di precisione che sono mosse elettronicamente di step in step. Con lo sviluppo dei microscopi elettronici che permettono ingrandimenti impossibili per la tecnologia ottica anche i microtomi hanno subito la trasformazione richiesta dalla tecnologia. In microscopia ottica si usa l’ “ultra-microtomo” che è in grado di tagliare campioni con spessori di qualche decina di nanometri. I campioni tagliati con il microtomo subiscono un pre-trattamento di inclusione in paraffina o resina sintetica. Questo avviene per rendere i campioni sottoposti al taglio più consistenti da permettere il taglio stesso.